Structure, function and inhibition of the serotonin transporter studied by molecular docking, -dynamics and virtual screening

Gabrielsen, Mari

dc.contributor.advisor	Sylte, Ingebrigt
dc.contributor.author	Gabrielsen, Mari
dc.date.accessioned	2014-06-23T08:41:04Z
dc.date.available	2014-06-23T08:41:04Z
dc.date.issued	2011-09-16
dc.description.abstract	Den tre-dimensjonale (3D) strukturen til serotonin-transporteren er ukjent og arbeidet som beskrives i avhandlingen er basert på teoretiske 3D-modeller av transporteren. Modellene har blitt brukt til å simulere bevegelsene i transporterstrukturen som skjer når serotonin transporteres samt til å studere hvordan forbindelser som blokkerer transporten binder til transporteren. For å gjøre det sistnevnte ble en ny metode for bestemmelse av bindingen av forbindelser til transporteren utviklet. Metoden ble også bruk i et steg i det stort database-søket som ble utført for å finne nye forbindelser som kan blokkere transporten av serotonin. Forbindelsene som ble oppdaget gjennom databases-søket ble testet eksperimentelt av våre samarbeidspartnere i Polen. Testingen bekreftet at flere av forbindelsene som ble oppdaget gjennom database-søket også i virkeligheten bandt til transporteren.	en
dc.description.doctoraltype	ph.d.	en
dc.description.popularabstract	Den tre-dimensjonale (3D) strukturen til serotonin-transporteren er ukjent og arbeidet som beskrives i avhandlingen er basert på teoretiske 3D-modeller av transporteren. Modellene har blitt brukt til å simulere bevegelsene i transporterstrukturen som skjer når serotonin transporteres samt til å studere hvordan forbindelser som blokkerer transporten binder til transporteren. For å gjøre det sistnevnte ble en ny metode for bestemmelse av bindingen av forbindelser til transporteren utviklet. Metoden ble også bruk i et steg i det stort database-søket som ble utført for å finne nye forbindelser som kan blokkere transporten av serotonin. Forbindelsene som ble oppdaget gjennom databases-søket ble testet eksperimentelt av våre samarbeidspartnere i Polen. Testingen bekreftet at flere av forbindelsene som ble oppdaget gjennom database-søket også i virkeligheten bandt til transporteren.	en
dc.description.sponsorship	Norges forskningsråd Universitetet i Tromsø Det Polsk-Norske forskningsfondet	en
dc.description	Papers 2, 3 and 4 of this thesis are not available in Munin: <br/>2. Mari Gabrielsen, Rafał Kurczab, Aina W. Ravna, Irina Kufareva, Ruben Abagyan, Zdzisław Chilmonczyk, Andrzej J. Bojarski, Ingebrigt Sylte: 'Molecular mechanism of serotonin transporter inhibition elucidated by a new flexible docking protocol', European Journal of Medicinal Chemistry (2012), vol. 47:24–37. Available at <a href=http://dx.doi.org/10.1016/j.ejmech.2011.09.056>http://dx.doi.org/10.1016/j.ejmech.2011.09.056</a> <br/>3. Mari Gabrielsen, Rafał Kurczab, Agata Siwek, Małgorzata Wolak, Aina W. Ravna, Kurt Kristiansen, Irina Kufareva, Ruben Abagyan, Gabriel Nowak, Zdzisław Chilmonczyk, Ingebrigt Sylte and Andrzej J. Bojarski: 'Identification of novel serotonin transporter compounds by virtual screening and experimental verification' Journal of Chemical Information and Modeling (2014), vol. 54(3):933–943. Available at <a href=http://dx.doi.org/10.1021/ci400742s>http://dx.doi.org/10.1021/ci400742s</a> <br/>4. Gabrielsen, M., Wołosewicz, K., Zawadzka, A., Kossakowski, J., Nowak, G., Wolak, M., Stachowicz, K., Siwek, A., Ravna, A. W., Kufareva, I., Kozerski, L., Bednarek, E., Sitkowski, J., Bocian, W., Abagyan, R., Bojarski, A. J., Sylte, I. and Chilmonczyk, Z: 'Synthesis, Antidepressant Evaluation and Docking Studies of Long-Chain Alkylnitroquipazines as Serotonin Transporter Inhibitors', Chemical Biology & Drug Design (2013), vol 81(6):695–706. Available at <a href=http://dx.doi.org/10.1111/cbdd.12116>http://dx.doi.org/10.1111/cbdd.12116</a>	en
dc.identifier.uri	https://hdl.handle.net/10037/6403
dc.identifier.urn	URN:NBN:no-uit_munin_5919
dc.language.iso	eng	en
dc.publisher	University of Tromsø	en
dc.publisher	Universitetet i Tromsø	en
dc.rights.accessRights	openAccess
dc.rights.holder	Copyright 2011 The Author(s)
dc.rights.uri	https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0	en_US
dc.rights	Attribution-NonCommercial-ShareAlike 3.0 Unported (CC BY-NC-SA 3.0)	en_US
dc.subject	VDP::Medisinske Fag: 700::Basale medisinske, odontologiske og veterinærmedisinske fag: 710::Farmakologi: 728	en
dc.subject	VDP::Medical disciplines: 700::Basic medical, dental and veterinary science disciplines: 710::Pharmacology: 728	en
dc.title	Structure, function and inhibition of the serotonin transporter studied by molecular docking, -dynamics and virtual screening	en
dc.type	Doctoral thesis	en
dc.type	Doktorgradsavhandling	en