English
norskModel based Statistics for Protein Sequence Families
| dc.contributor.advisor | Flå, Tor | |
| dc.contributor.author | Ahmed, Said Hassan | |
| dc.date.accessioned | 2011-08-09T08:23:02Z | |
| dc.date.available | 2011-08-09T08:23:02Z | |
| dc.date.issued | 2011-07-01 | |
| dc.description.doctoraltype | ph.d. | en |
| dc.description.popularabstract | Marine organismer har tilpasset sine proteiner og proteinsignaler i celler via evolusjon av DNA-og proteinsekvenser til å være funksjonsdyktig under ekstreme forhold. Man kan utnytte marine organismers strategier for kald adaptering dels for direkte industriell nyskaping av marint tilpassede prosessor både på enzym og celllenivå og dels for oppbygging av spisset kompetanse og programvare - der databaser for familier av proteiner blir brukt for undersøke de kuldetilpassede proteinegenskapene i proteinfamilier. Bakgrunnen for avhandlingen er å utvikle statistiske metoder basert på tilgjengelige biologiske modeller, som molekylær evolusjon og protenfolding, for klassifisering og prediksjon av kuldetilpasset proteinegenskaper i proteinfamilier. Vi har utviklet statistiske metoder for beregning av lokale middelverdier av proteinegenskaper med en nøyaktighet ingen har kunnet gjøre før. Dette muliggjør å ekstrahere og klassifisere kuldetilpasset proteinegenskaper selv med relativt få representanter i proteinfamilien med lokal nøyaktighet- noe som ikke vært gjort før. En kan populært si at denne metoden muliggjør å se hvordan proteinegenskapene påvirker evolusjonsmodellen for eksempel til kuldetilpassede og marint tilpassede proteinfamilier. | en |
| dc.description.sponsorship | I would like to acknowledge the university of Tromsø for the financial support of this study and my research stay in San Diego. I would also like to acknowledge the center for theoretical and computational chemistry (CTCC) for their generous support | en |
| dc.description | The papers of this thesis are not available in Munin: <br/>1. Said H. Ahmed and Tor Flå: 'Estimation of Evolutionary Average Hydrophobicity Profile from a Family of Protein Sequences', Lecture Notes in Computer Science (2007) Volume 4774/2007, 158-165. Available at <a href=http://dx.doi.org/10.1007/978-3-540-75286-8_16>http://dx.doi.org/10.1007/978-3-540-75286-8_16</a> <br/>2. Said H. Ahmed and Tor Flå: 'Evolutionary Parameters in Sequence Families : Cold adaptation of enzymes', Lecture Notes in Computer Science (2009) Volume 5780/2009, 1-12. Available at <a href=http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-04031-3_1>http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-04031-3_1</a> <br/>3. Tor Flå and Said H. Ahmed: 'Evolution of cold-adapted protein sequences', in Sequence and Genome analytics : methods and application II (ed. Gabriel Fung), Concept Press Ltd (2010), ISBN 9780-9807330-6-8<br/>4. Said H. Ahmed and Tor Flå: 'Position dependent mean hydrophobicity and structural profiles' (unpublished paper) | en |
| dc.identifier.uri | https://hdl.handle.net/10037/3533 | |
| dc.identifier.urn | URN:NBN:no-uit_munin_3254 | |
| dc.language.iso | eng | en |
| dc.publisher | Universitetet i Tromsø | en |
| dc.publisher | University of Tromsø | en |
| dc.rights.accessRights | openAccess | |
| dc.rights.holder | Copyright 2011 The Author(s) | |
| dc.rights.uri | https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/3.0 | en_US |
| dc.rights | Attribution-NonCommercial-ShareAlike 3.0 Unported (CC BY-NC-SA 3.0) | en_US |
| dc.subject | VDP::Mathematics and natural science: 400::Mathematics: 410 | en |
| dc.subject | VDP::Matematikk og Naturvitenskap: 400::Matematikk: 410 | en |
| dc.subject | Bioinformatics | en |
| dc.title | Model based Statistics for Protein Sequence Families | en |
| dc.type | Doctoral thesis | en |
| dc.type | Doktorgradsavhandling | en |
File(s) in this item
This item appears in the following collection(s)
Except where otherwise noted, this item's license is described as Attribution-NonCommercial-ShareAlike 3.0 Unported (CC BY-NC-SA 3.0)