Show simple item record

dc.contributor.advisorJørgensen, Jorunn
dc.contributor.authorJulin, Kjersti
dc.date.accessioned2015-01-27T11:47:57Z
dc.date.available2015-01-27T11:47:57Z
dc.date.issued2015-02-06
dc.description.abstractInfeksiøs pankreas nekrose (IPN) er en fiskesykdom som rammer mange fiskeslag over store deler av verden. Det har store økonomiske konsekvenser for norsk lakseoppdrettsnæring. Infeksiøs pankreas nekrose var først kjent som en sykdom i yngel, men i de siste 10 til 20 årene har det vært et like stort problem i post-smolt. Antall utbrudd varierer fra år til år, der 2009 ble registrert som et år med flest utbrudd. Samme år introduserte avlsselskapet AquaGen QTL-rogn. Denne fisken var svært motstandsdyktig mot IPN. Sykdomsproblemene forsvant i de anleggene som benyttet seg av IPN-QTL-rogn, noe som gjenspeiler seg i at det har vært en drastisk nedgang i antall rapporterte sykdomsutbrudd i norsk lakseoppdrettsnæring. Resultatet av et IPN utbrudd varierer mye, alt fra lav til høy dødelighet. Mye av denne variasjonen er knyttet til de forskjellige virusisolaters sykdomsfremkallende (virulens) egenskaper. Denne avhandlingen beskriver hvordan molekylære forskjeller i feltisolater er med på å gi virusene forskjellige virulensegenskaper. Ved å samle inn feltisolater, bestemme nukleotidsekvensen til deler av VP2-genet til de forskjellige isolatene og utføre smitteforsøk med de ulike virusisolatene har vi vist at spesifikke aminosyrer er med på å bestemme virusisolatets virulensegenskaper. Fisk som er bærer av IPNV er symptomfrie med lavt eller ikke detekterbart nivå av virus. Det var derfor nødvendig å utvikle en metode for detektering av virus som var mer sensitiv enn den som tidligere var brukt. En real-time PCR for detektering av transkriptet av VP2-genet ble derfor utviklet. Referansegener ble validert og metoden ble optimalisert for å gi en metode med høy sensitivitet og nøyaktighet. Når laksen møter IPNV for første gang er resultatet av infeksjonen avhengig både av virulensegenskaper hos viruset og hvor effektivt det medfødte antivirale immunforsvaret til fisken er. Makrofager er viktige celler i det medfødte immunforsvaret, men de representerer også et reservoar for mange persisterende virus, deriblant IPNV. I dette arbeidet har vi smittet smolt i ferskvannsfasen med virus med høy og lav virulens. Vi har sett på forskjeller i utviklingen av sykdom mellom virus isolatene ved å måle mengde virus og se på dødelighet i sjøfasen. Vi har også undersøkt om det antivirale forsvaret til laksen reagerer forskjellig mot de ulike virusisolatene.en
dc.description.doctoraltypeph.d.en
dc.description.popularabstractInfeksiøs pankreas nekrose (IPN) er en fiskesykdom som rammer mange fiskeslag over store deler av verden. Det har store økonomiske konsekvenser for norsk lakseoppdrettsnæring. Infeksiøs pankreas nekrose var først kjent som en sykdom i yngel, men i de siste 10 til 20 årene har det vært et like stort problem i post-smolt. Antall utbrudd varierer fra år til år, der 2009 ble registrert som et år med flest utbrudd. Samme år introduserte avlsselskapet AquaGen QTL-rogn. Denne fisken var svært motstandsdyktig mot IPN. Sykdomsproblemene forsvant i de anleggene som benyttet seg av IPN-QTL-rogn, noe som gjenspeiler seg i at det har vært en drastisk nedgang i antall rapporterte sykdomsutbrudd i norsk lakseoppdrettsnæring. Viruset som forårsaker denne sykdommen, infeksiøs pankreas nekrose virus (IPNV), er et lite dobbeltrådet RNA virus som tilhører familien Birnaviridae, genus Aquabirnavirus. En infeksjon med IPNV kan gi akutt sykdom med høy dødelighet i atlantisk laks Salmo salar L. IPNV-arvematerialet består av to segmenter (A og B) av dobbeltrådet RNA som er pakket i en ikosahedrisk kapsid-struktur, omtrent 60 nm i diameter, og er uten ytre kappe. Segment B består av 2,784 nukleotider (nt) og koder for den RNA-avhengige RNA polymerasen, virus protein 1 (VP1). Segment A består av 3,097 nt og koder for to åpne leserammer. Den lengste åpne leserammen koder for et 107-kDA polyprotein som deles opp av virusets egen protease, VP4, og danner de strukturelle proteinene VP2 og VP3, der VP2 er med å bygge opp den ytre strukturen, IPNV kapsidet. Den korteste koder for VP5, som er et 15-kDa arginin-rikt protein (VP5). Erfaringer fra naturlige sykdomsutbrudd og fra eksperimentelle smitteforsøk med atlantisk laks viser at dødelighet forårsaket av IPN ofte inntrer 3-8 uker etter at fisk er flyttet til sjøvann. Utbrudd har også vært registrert både før og etter denne perioden. Atlantisk laks som overlever et sykdomsutbrudd kan i ettertid bli bærer av viruset uten symptomer. Reaktivering av IPN har vært demonstrert både under naturlige og eksperimentelle betingelser. Trolig er det reaktivering av IPNV som er ansvarlig for en god del av IPN-utbruddene i oppdrettsnæringen. Fisk som er bærere av IPNV er fri for symptomer og med lavt eller ikke detekterbart nivå av virus. En bærertilstand er ikke en konstant tilstand. Det er antatt at i situasjoner der fisken blir utsatt for stress vil dette kunne påvirke bærertilstanden og føre til økt nivå av virus. Dette kan igjen føre til utbrudd av IPN. Resultatet av et IPN utbrudd varierer mye, alt fra lav til høy dødelighet. Mye av denne variasjonen er knyttet til de forskjellige virusisolaters sykdomsfremkallende (virulens) egenskaper. Denne avhandlingen beskriver hvordan molekylære forskjeller i feltisolater er med på å gi virusene forskjellige virulensegenskaper. Ved å samle inn feltisolater, bestemme nukleotidsekvensen til deler av VP2-genet til de forskjellige isolatene og utføre smitteforsøk med de ulike virusisolatene har vi vist at spesifikke aminosyrer er med på å bestemme virusisolatets virulensegenskaper. Fisk som er bærer av IPNV er symptomfrie med lavt eller ikke detekterbart nivå av virus. Det var derfor nødvendig å utvikle en metode for detektering av virus som var mer sensitiv enn den som tidligere var brukt. En real-time PCR for detektering av transkriptet av VP2-genet ble derfor utviklet. Referansegener ble validert og metoden ble optimalisert for å gi en metode med høy sensitivitet og nøyaktighet. Når laksen møter IPNV for første gang er resultatet av infeksjonen avhengig både av virulensegenskaper hos viruset og hvor effektivt det medfødte antivirale immunforsvaret til fisken er. Makrofager er viktige celler i det medfødte immunforsvaret, men de representerer også et reservoar for mange persisterende virus, deriblant IPNV. I dette arbeidet har vi smittet smolt i ferskvannsfasen med virus med høy og lav virulens. Vi har sett på forskjeller i utviklingen av sykdom mellom virus isolatene ved å måle mengde virus og se på dødelighet i sjøfasen. Vi har også undersøkt om det antivirale forsvaret til laksen reagerer forskjellig mot de ulike virusisolatene.en
dc.description.sponsorshipFinancial support was provided by The Research Council of Norway (grants no. 141887/120, 143286/140 and 172542/S40).en
dc.descriptionThe papers of this thesis are not available in Munin:<br> I. K. Julin, S. Mennen, A.-I. Sommer: ‘Study of virulence in field isolates of infectious pancreatic necrosis virus obtained from the northern part of Norway’. Journal of Fish Diseases, 2013, 36(2):89-102. Available at <a href=http://dx.doi.org/10.1111/j.1365-2761.2012.01423.x>http://dx.doi.org/10.1111/j.1365-2761.2012.01423.x</a><br> II. K. Julin., L.-H. Johansen, A.-I. Sommer: ‘Reference genes evaluated for use in infectious pancreatic necrosis virus real-time RT-qPCR assay applied during different stages of an infection’. Journal of Virological Methods, 2009, 162: 30–39. Available at <a href=http://dx.doi.org/10.1016/j.jviromet.2009.07.003>http://dx.doi.org/10.1016/j.jviromet.2009.07.003</a><br> III. K. Julin, L-H. Johansen, A.-I. Sommer, J. B. Jørgensen: ‘Persistent infections with infectious pancreatic necrosis virus (IPNV) of different virulence in Atlantic salmon Salmo salar L’. Journal of Fish Diseases. Available at <a href=http://dx.doi.org/10.1111/jfd.12317>http://dx.doi.org/10.1111/jfd.12317</a> (early view).en
dc.identifier.isbn978-82-8266-094-5
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/10037/7044
dc.identifier.urnURN:NBN:no-uit_munin_6640
dc.language.isoengen
dc.publisherUiT The Arctic University of Norwayen
dc.publisherUiT Norges arktiske universiteten
dc.rights.accessRightsopenAccess
dc.subject.courseIDDOKTOR-002en
dc.subjectVDP::Agriculture and fishery disciplines: 900::Fisheries science: 920::Fish health: 923en
dc.titleInfectious pancreatic necrosis virus (IPNV) - Persistent infections, virulence and antiviral defenceen
dc.typeDoctoral thesisen
dc.typeDoktorgradsavhandlingen


File(s) in this item

Thumbnail
Thumbnail

This item appears in the following collection(s)

Show simple item record