Browsing Fakultet for naturvitenskap og teknologi by Title
DSpace/Manakin Repository
- Home
- Fakultet for naturvitenskap og teknologi
- Browsing Fakultet for naturvitenskap og teknologi by Title
Browsing Fakultet for naturvitenskap og teknologi by Title
-
Skjelvareid, Martin Hansen; Olofsson, Tomas; Birkelund, Yngve (Journal article; Tidsskriftartikkel; Peer reviewed, 2011)[+][-]
Abstract: Synthetic aperture focusing is known to increase both the lateral resolution and signal-to-noise level of pulse-echo ultrasonic images. In this paper, the use of synthetic aperture imaging for detection and sizing of pitting in a plate is considered. It is assumed that a water layer is present between the transducer and the plate, and that the pitting is on the back side of the plate, seen from the transducer. To account for the different wave velocities of the water and plate layers, one of the recently proposed multilayer synthetic aperture algorithms is used. The algorithm can be adapted to both 2D (line scan) and 3D (surface scan) data, and these two variations are tested on a number of artificial pittings in an aluminum plate. Comparison of raw and focused images shows that the algorithm significantly improves the lateral resolution, thus enabling an accurate estimation of the pitting shape. URI: http://hdl.handle.net/10037/4045 File(s) in this item: 1
article.pdf (569.3Kb) -
Øberg, Helge (Master thesis; Mastergradsoppgave, 15-Dec-2011)[+][-]
Abstract: Vesicoureteral reflux (VUR) is an abnormality that causes urine to flow back from the bladder to the kidneys, which may cause renal scarring and kidney damage. A non-ionizing and non-invasive VUR diagnostic technique, based on microwave hyperthermia, is under development. The possibility for improved hyperthermia efficiency and patient safety through implementation of ultrasound transducers is the motivation behind this thesis. The transducers are intended to measure the thickness of the water bolus, which is a cooling devise placed on the patient to avoid skin damage during the heating process. The main focus of this thesis is on Polyvinylidene fluoride (PVDF) films, which are thin ultrasonic transducers. Basic principles of ultrasound theory and the current microwave antenna are presented. Pressure wave theory and experimental results show that the size and shape of these transducers influence both the transmitted pressure field and the received pulse detectability. Reducing the size of the transducer gives shorter near-field and increased beam width, but these positive properties comes with a trade-off as a smaller size also reduces the sent/received acoustic power. Rectangular transducers are considered for array configurations with transducers dedicated to transmitting or receiving pulses, where the effect of decreased beam spread at corners are negligible. When a transducer operates as both transmitter and receiver, a circular shape is preferable as it is more robust with regard to variations of the angle between the antenna and bolus/skin interface. The results from experimental work shows that a circular transducer with diameter 2.5 mm fulfills the requirements on beam width, near field length and pulse detectability. Array configuration can not be used as the required beam width is not achievable without compromising pulse detectability. We propose placing three of these circular transducers at the corners of the antenna PCB to reduce their influence on the microwave radiometric measurements. The acoustical backing offered by the microwave antenna is adequate, and the accuracy in the thickness measurements are expected to be $<0.1$ mm with the applied detection method. URI: http://hdl.handle.net/10037/3989 File(s) in this item: 1
thesis.pdf (7.817Mb) -
Vorren, Tore Ola; Laberg, Jan Sverre (Chronicle; Kronikk, 02-Oct-2010)[+][-]
-
Vorren, Tore Ola; Laberg, Jan Sverre (Chronicle; Kronikk, 25-Sep-2010)[+][-]
-
Steindal, Arnfinn Hykkerud (Doctoral thesis; Doktorgradsavhandling, 22-Jan-2013)[+][-]
Abstract: This thesis presents the development of theoretical models for the calculations of one- and two-photon absorption, and computational studies on solvated systems and biomolecules. The photon-absorbing chromophore is described by density functional theory, while the effects of the surroundings are taken into account by means of polarizable embedding models. The theory and implementation of a three-layered fully polarizable method is presented in this thesis. In this method, the short-range electrostatic potential due to the solvent is treated by a polarizable molecular mechanics force field, while the long-range effects are described by a dielectric continuum. This QM/MM/PCM implementation was tested on three organic molecules solvated in water and shown to converge faster with respect to system size compared to calculations using quantum mechanics/molecular mechanics (QM/MM) only. Further, the parallelization of the QM/MM module in the Dalton program is decribed, making it possible to do calculations on large molecular systems with the use of modern supercomputers. This implementation was used to calculate the one- and two-photon absorption properties in fluorescent proteins, demonstrating the importance of describing the protein surrounding the chromophore by a polarizable embedding. Description: The papers of this thesis are not available in Munin:
1. A. H. Steindal, K. Ruud, L. Frediani, K. Aidas and J. Kongsted: 'Excitation energies in solution: the fully polarizable QM/MM/PCM method', Journal of Physical Chemistry B (2011), vol.115(12):3027–3037. Available at http://dx.doi.org/10.1021/jp1101913
2. A. H. Steindal, J. M. H. Olsen, L. Frediani, J. Kongsted and K. Ruud: 'Parallelization of the polarizable embedding scheme for higher-order response functions', Molecular Physics (2012), Vol. 110, no.19-20. Available at http://dx.doi.org/10.1080/00268976.2012.721016
3. A. H. Steindal, J. M. H. Olsen, K. Ruud, L. Frediani and J. Kongsted: 'A combined quantum mechanics and molecular mechanics study of the one- and two-photon absorption in the green fluorescent protein', Physical Chemistry Chemical Physics (2012), vol.14:5440-5451. Available at http://dx.doi.org/10.1039/C2CP23537D
4. M. T. P. Beerepoot, A. H. Steindal, J. M. H. Olsen, K. Ruud, L. Frediani, B. O. Brandsdal and J. Kongsted: 'A polarizable embedding DFT study of one-photon absorption in fluorescent proteins' (manuscript)
5. N. H. List, J. M. H. Olsen, H. J. Aa. Jensen, A. H. Steindal and J. Kongsted: 'Molecular-level insight into the spectral tuning mechanism of the DsRed chromophore', Journal of Physical Chemistry Letters (2012), vol.3(23):3513–3521. Available at http://dx.doi.org/10.1021/jz3014858URI: http://hdl.handle.net/10037/5148 File(s) in this item: 1
thesis.pdf (1.944Mb) -
Kleinman, S. J.; Solheim, Jan Erik; Nather, R. E.; Bruvold, A.; Winget, D. E.; Clemens, J. C.; Bradley, A.; Kanaan, A.; Claver, C. F.; Watson, T. K.; Yanagida, K.; Nitta, A.; Dixson, J. S.; Grauer, A. D.; Hine, B. P.; Fontaine, G.; Liebert, James; Sullivan, D. J.; Wickramasinghe, D. T.; Achilleos, N.; Mara, T. M. K.; Seetha, S.; Ashoka, B. N.; Leibowitz, E. M.; Moskalik, P.; Krzesi´nski, J.; O’Donoghue, D.; Kurtz, D. W.; Warner, B.; Martinez, Peter; Dolez, N.; Chevreton, M.; Barstow, M. A.; Kepler, S. O.; Giovannini, O.; Hansen, C. J.; Augusteijn, T. (Journal article; Tidsskriftartikkel; Peer reviewed, 10-Oct-1997)[+][-]
Abstract: The white dwarfs are promising laboratories for the study of cosmochronology and stellar evolution. Through observations of the pulsating white dwarfs, we can measure their internal structures and compositions, critical to understanding post main sequence evolution, along with their cooling rates, allowing us to calibrate their ages directly. The most important set of white dwarf variables to measure are the oldest of the pulsators, the cool DAVs, which have not previously been explored through asteroseismology due to their complexity and instability. Through a time-series photometry data set spanning ten years, we explore the pulsation spectrum of the cool DAV, G29–38 and find an underlying structure of 19 (not including multiplet components) normal-mode, probably ℓ = 1 pulsations amidst an abundance of time variability and linear combination modes. Modelling results are incomplete, but we suggest possible starting directions and discuss probable values for the stellar mass and hydrogen layer size. For the first time, we have made sense out of the complicated power spectra of a large-amplitude DA pulsator. We have shown its seemingly erratic set of observed frequencies can be understood in terms of a recurring set of normal-mode pulsations and their linear combinations. With this result, we have opened the interior secrets of the DAVs to future asteroseismological modelling, thereby joining the rest of the known white dwarf pulsators. Description: This is the authors' accepted version of the article. URI: http://hdl.handle.net/10037/2038 File(s) in this item: 1
article .pdf (212.6Kb) -
Netland, Kjell Øystein (Master thesis; Mastergradsoppgave, 05-Nov-2012)[+][-]
Abstract: Denne masteroppgåva beskriv korleis naturfaglærarar underviser i temaet globale klimaendringar på Vg1-nivå i vidaregåande opplæring, og kva utfordringar dei møter i denne undervisninga. Studien bruker metodetriangulering og kombinerer dei kvalitative metodane fokusgruppeintervju og observasjon med ei kvantitativ spørjeskjemaundersøking. Fokusgruppeintervjua danna grunnlaget for utarbeidinga av spørjeskjemaet og spørjeskjemaundersøkinga er hovudmetoden. Fire lærarar deltok på to fokusgruppeintervjua og 25 av 39 naturfaglærarar i Troms fylke svarte på spørjeskjemaet. Resultata viser at lærarane meiner at undervisningsmetodar som fokuserer på munnleg aktivitet og samarbeid mellom elevane er godt eigna til å undervise om globale klimaendringar. Lærarane er delt i synet på om det i naturfag er viktigare å undervise det klassiske faginnhaldet i fysikk, kjemi og biologi, i staden for å trekke inn koplingar mot politikk, etikk og holdningar. Oppgåva argumenterer for å inkludere dei tverrfaglege perspektiva på klimaendringar i undervisninga, og det er eit stort potensiale for å auke bruken av tverrfaglege samarbeid mellom ulike skulefag i vidaregåande opplæring. Alle lærarane meinte dei hadde eit behov for å utvikle sine kunnskapar om klimaet. Andre utfordringar i undervisninga var at elevane har misoppfatningar knytt til forståinga av ozonlaget og drivhuseffekten. Derimot at det eksisterer ulike syn på kor menneskeskapte klimaendringane er, synast ikkje å vere eit stort problem blant lærarane i mitt utval. Oppgåva konkluderer med at det trengst eit auka fokus på utviklingsarbeid på den enkelte skule og vidareutdanning av naturfaglærarar. URI: http://hdl.handle.net/10037/4641 File(s) in this item: 1
thesis.pdf (1.504Mb) -
Osvoll, Gerhard Erling Lian (Master thesis; Mastergradsoppgave, 15-May-2012)[+][-]
Abstract: Denne oppgaven presenterer resultatene fra et studie hvor en ny undervisningsmetode er prøvd ut i undervisningen av kjernemagnetisk resonans (NMR). Undervisningen er elevsentrert med bruk av formative undervisningsverktøy, hvor det er benyttet elementer fra den deduktive og den teknologiske undervisningsmetoden. Data er samlet inn i forbindelse med gjennomføringen av et undervisningsopplegg hvor målet var å lære elevene i videregående skole å tolke enkle 1H-NMR-spektre, som ble innført som et læreplanmål etter Kunnskapsløftet i 2006. Resultatene tyder på at elevene fikk et stort læringsutbytte ved bruk av denne metoden som viste seg å være et bedre alternativ til undervisning av NMR enn metodene som den ble satt sammen av. Undervisningsmetoden stimulerer til høy aktivitet og elevdeltakelse, og har muligheter til å nivådifferensiere undervisningen i stor grad. Oppgaven konkluderer med at den formative problembaserte undervisningsmetoden er velegnet til å undervise 1H-NMR, og er et godt alternativ til også å undervise andre emner som er satt sammen av forskjellige deler som må kombineres for å komme frem til en løsning. Metoden bør derfor introduseres i større grad i den videregående skolen. URI: http://hdl.handle.net/10037/4373 File(s) in this item: 1
thesis.pdf (2.094Mb) -
Jørgensen, Silje (Master thesis; Mastergradsoppgave, 01-Jun-2010)[+][-]
Abstract: Gjennom de siste ti årene har en rask utvikling av nye bioteknologiske metoder vært fremtredene som et resultat av teknologiens fremvekst. For den moderne lærer, i den videregående skole, medfører dette stadig nye utfordringer innenfor tilrettelegging av faglig oppdatert undervisning. Spesielt krevende er det å kunne tilby laboratorieundervisning som gir god læring, og hvor utstyr og materiell ikke blir for kostbart. Formålet med denne oppgaven er å utforske hvordan laboratoriearbeid innenfor biologifaget kan legges opp for å bidra til bedre læring. På grunnlag av at bioteknologi er et fag i kontinuerlig utvikling ble dette sett på som et svært relevant fordypningsområde. For å opparbeide en bedre forståelse innen bioteknologiske arbeidsmetoder ble det gjennomført et prosjekt ved Institutt for Arktisk og Marin biologi, Universitetet i Tromsø. Dette arbeidet omhandlet inaktivering av det antatte regulatorgenet, thuR, i bakterien Sinorhizobium meliloti stamme Sm1021. Dette genet regulerer mulig trehalose opptaket hos S. meliloti. En ny stamme S. meliloti Sm7018 ble dannet, og dens genotype ble testet med DNA sekvensering som viste et mutert thuR gen. Fenotypen ble testet ved dyrking på glukose og trehalose for å undersøke stammens evne til å utnytte trehalose som karbon og energikilde. Sm7018 viste ingen avvik i vekst sammenlignet med vildtypen, Sm1021. Gjennom samarbeid med en biologi 2 klasse, viste det seg at elevene ikke var særlig begeistret for laboratoriearbeid. De syntes denne arbeidsformen var både stressende og bidro til mye ekstra arbeid. Det kom i tillegg frem at denne undervisningsformen skaper mye arbeid også for læreren, i form av mye for- og etterarbeid. Selv om læreren var bevisst på disse faktorene, mente hun at laboratoriearbeidet likevel var et positivt avbrekk i den ordinære undervisningen. Svake faglige kunnskaper og dårlige utstyrsresurser skaper begrensede muligheter for arbeid i skolelaboratoriet. Et universitetsbesøk ble gjennomført for å teste mulige måter å tilrettelegge laboratorieundervisning. Basert på de nye erfaringene opparbeidet gjennom dette prosjektet har det kommet frem mange viktige faktorer som kan øke elevenes faglige interesse og motivasjon for bioteknologifaget, dersom de inkluderes tilrettelegging av laboratorieundervisningen. URI: http://hdl.handle.net/10037/2830 File(s) in this item: 1
thesis.pdf (2.171Mb) -
Nyborg, Bjørn Sjøttem (Master thesis; Mastergradsoppgave, 15-Dec-2008)[+][-]
Abstract: Innenfor feltene biokjemi, genetikk og mikrobiologi har det de siste tjue årene vært en rask utvikling av nye metoder i takt med den teknologiske utviklingen, og disse metodene utgjør det vi kaller for bioteknologi. Bioteknologi inngår som målområder i læreplanen både for grunnutdanningen og videregående opplæring. Som følge av den raske utviklingen av feltet har derfor skolene en spesiell utfordring når det gjelder å gi en oppdatert og tidsriktig undervisning innenfor tema. Særlig når det gjelder utstyr til praktisk undervisning kan det være vanskelig for skolene å følge med på utviklingen, da utstyr innenfor bioteknologi ofte er svært kostbart, og krever god lærerkompetanse. Formålet med denne oppgaven er å undersøke hvordan man best kan undervise bioteknologi i skolen. Dette ble gjort gjennom først å grundig sette seg inn i aktuelle bioteknologiske metoder gjennom arbeid med bakterien A. tumefaciens. Genene palA og palB hos A. tumefaciens har homologi med genene thuA og thuB hos S. meliloti. For å undersøke om disse genene har samme funksjon i de to organismene ble derfor palB forsøkt slått ut hos A. tumefaciens ved hjelp av homolog rekombinasjon. Under arbeidet oppstod det problemer med karakterisering av palB ved hjelp av PCR og sekvensering, og derfor man fikk vanskeligheter med å karakterisere transformanter. Årsakene til disse problemene blir i oppgaven foreslått å være sekundærstrukturdannelse i palB. Arbeidet med A. tumefaciens og palB ga grundig innføring i en rekke bioteknologiske metoder. Gjennom intervjuer med lærere fra to ulike videregående skoler kommer det i oppgaven fram to ulike tilnærminger i bioteknologiundervisning. Den ene skolen prioriterte å holde undervisningen på skolen, mens den andre prioriterte samarbeid med universitet. For å undersøke fordeler og ulemper ved universitetsbesøk ble det derfor arrangert et undervisningsopplegg for elever i videregående skole, der metoder fra arbeidet med A. tumefaciens ble dratt inn. Opplegget ble gjennomført som en øvelse i genetisk fingeravtrykk, hvor metodene polymerase chain reaction og gel elektroforese ble gjennomført. Responsen fra elevene etter opplegget var svært god, og i oppgaven argumenteres det derfor for bruk av universitetsbesøk som supplement til skoleundervisning i bioteknologi. URI: http://hdl.handle.net/10037/2894 File(s) in this item: 1
thesis.pdf (1.406Mb) -
Finseth, Irja Maria Basma (Master thesis; Mastergradsoppgave, 01-Jun-2012)[+][-]
Abstract: TUNDRA Schoolnet er et forskningsbasert skoleprosjekt som ønsker å gi et kunnskapsløft i hvordan klimaendringer påvirker den lokale naturen blant lærere og elever i tundraregionen. Hovedfokuset i denne masteroppgaven ble utviklingen av økologiundervisningsopplegget ”Se rovdyrene!” som skulle tas i bruk på 4 deltakerskoler på Varangerhalvøya. Utdanningssamfunnet er opptatt av at elevers engasjement og læringsutbytte skal økes. Læring skjer når elevene er aktive og rådet som ble gitt for å øke interesse og læring hos elever i naturfag var økt bruk av elevaktive og utforskende arbeidsmetoder. I denne oppgaven har utviklet jeg et undervisningsopplegg med fokus på variasjon i undervisningen ved å inneholde mange ulike aktiviteter. Fokuset lå på en forskningsbasert elevaktiv undervisning med et innhold som var autentisk for elevene. På bakgrunn av dette ble innhold, arbeidsmåter og metoder valgt. For å opparbeide en bedre forståelse innen økologi på deltakerskolene i tundraregionen ble det utviklet et lokalt rettet og aktuelt undervisningsopplegg. Dette i håp om at det skulle øke elevenes interesse, motivasjon, engasjement og faglig utbytte. Gjennomføringen av undervisningsopplegget skulle føre til kunnskaper og holdninger elevene kan ta med seg ut av skolen og videre i livet. Fokuset i undervisningsoppleggets innhold ble lagt på tundra, rovdyr, næringskjede og klimaendringer. Det ble også lagt vekt på forskning, dannelse av hypoteser og bruk av fotoboks som forskningsmetode. Arbeidsmåter og metoder som ble valgt var PowerPoint-presentasjoner, bruk av bilder, gruppearbeid, diskusjoner, jobbing med oppgaver, feltarbeid, behandling og tolkning av innsamlet data og begrepslæringsaktiviteter. Lærersamlinger på forhånd av gjennomføringen i skolene økte lærernes økologikunnskaper og skapte engasjement og motivasjon for undervisningsopplegget ”Se rovdyrene!”. Lærerne tok med seg dette og gjennomførte opplegget på sine skoler og ga tilbakemeldinger via et kvalitativt spørreskjema som ble sendt ut til alle skolene. Lærerne rapporterte om at det utviklede undervisningsopplegget var bedre enn det de tidligere brukte innen samme område. Elevene syntes gjennomførelsen var gøy og viste stort engasjement og motivasjon. Lærerne mente at elevenes faglige utbytte ble bedre ved bruk av undervisningsopplegget utviklet gjennom denne oppgaven, og at de kunne bruke det de lærte nå og i fremtiden. URI: http://hdl.handle.net/10037/5133 File(s) in this item: 1
thesis.pdf (5.143Mb) -
Kahlke, Tim; Goesmann, Alexander; Hjerde, Erik; Willassen, Nils Peder; Haugen, Peik (Journal article; Tidsskriftartikkel; Peer reviewed, 2012)[+][-]
Abstract: The criteria for defining bacterial species and even the concept of bacterial species itself are under debate, and the discussion is apparently intensifying as more genome sequence data is becoming available. However, it is still unclear how the new advances in genomics should be used most efficiently to address this question. In this study we identify genes that are common to any group of genomes in our dataset, to determine whether genes specific to a particular taxon exist and to investigate their potential role in adaptation of bacteria to their specific niche. These genes were named unique core genes. Additionally, we investigate the existence and importance of unique core genes that are found in isolates of phylogenetically non-coherent groups. These groups of isolates, that share a genetic feature without sharing a closest common ancestor, are termed genophyletic groups. The bacterial family Vibrionaceae was used as the model, and we compiled and compared genome sequences of 64 different isolates. Using the software orthoMCL we determined clusters of homologous genes among the investigated genome sequences. We used multilocus sequence analysis to build a host phylogeny and mapped the numbers of unique core genes of all distinct groups of isolates onto the tree. The results show that unique core genes are more likely to be found in monophyletic groups of isolates. Genophyletic groups of isolates, in contrast, are less common especially for large groups of isolate. The subsequent annotation of unique core genes that are present in genophyletic groups indicate a high degree of horizontally transferred genes. Finally, the annotation of the unique core genes of Vibrio cholerae revealed genes involved in aerotaxis and biosynthesis of the iron-chelator vibriobactin. The presented work indicates that genes specific for any taxon inside the bacterial family Vibrionaceae exist. These unique core genes encode conserved metabolic functions that can shed light on the adaptation of a species to its ecological niche. Additionally, our study suggests that unique core genes can be used to aid classification of bacteria and contribute to a bacterial species definition on a genomic level. Furthermore, these genes may be of importance in clinical diagnostics and drug development. URI: http://hdl.handle.net/10037/4905 File(s) in this item: 1
article.pdf (709.4Kb) -
Møllersen, Kajsa (Master thesis; Mastergradsoppgave, 15-Nov-2008)[+][-]
Abstract: During the last decades, the incidence rate of cutaneous malignant melanoma, a type of skin cancer developing from melanocytic skin lesions, has risen to alarmingly high levels. As there is no effective treatment for advanced melanoma, recognizing the lesion at an early stage is crucial for successful treatment. A trained expert dermatologist has an accuracy of around 75 % when diagnosing melanoma, for a general physician the number is much lower. Dermoscopy (dermatoscopy, epiluminescence microscopy (ELM)) has a positive effect the accuracy rate, but only when used by trained personnel. The dermoscope is a device consisting of a magnifying glass and polarized light, making the upper layer of the skin translucent. The need for computer-aided diagnosis of skin lesions is obvious and urgent. With both digital compact cameras and pocket dermoscopes that meet the technical demands for precise capture of colors and patterns in the upper skin layers, the challenge is to develop fast, precise and robust algorithms for the diagnosis of skin lesions. Any unsupervised diagnosis of skin lesions would necessarily start with unsupervised segmentation of lesion and skin. This master's thesis proposes an algorithm for unsupervised skin-lesion segmentation and the necessary pre-processing. Starting with a digital dermoscopic image of a lesion surrounded by healthy skin, the pre-processing steps are noise filtering, illumination correction and removal of artifacts. A median filter is used for noise removal, because of its edge-preserving capabilities and computer efficiency. When the dermoscope is put in contact with the patient's skin, the angle between the skin and the magnifying glass impacts on the distribution of the light emitted from the diodes attached to the dermoscope. Scalar multiplication with an illumination correction matrix, individually adapted to each image, facilitates the analysis of the image, especially for skin lesions of light color. Artifacts such as scales printed on the glass of the dermoscope, hairs and felt-pen marks on the patient's skin are all obstacles for correct segmentation. This thesis proposes a new, robust and computer effective algorithm for hair removal, based on morphological operations of binary images. The segmentation algorithm is based on global thresholding and histogram analysis. Unlike most segmentation algorithms based on histogram analysis, the algorithm proposed in this thesis makes no assumptions on the characterization of the lesion mode. From the truecolor RGB image, the first principal component is used as grayscale image. The algorithm searches for the peak of the skin mode, and the skin mode's left bound. The pixel values belonging to the bins to the left of the bound, are regarded as samples from an underlying distribution and the expected value of this distribution is estimated. The value of the pixels in the bin located at equal distance from the expected value of the lesion mode, and the skin-mode peak is used as threshold value. After global thresholding, post-processing is applied to identify the lesion object. The only parameters in this algorithm are the number of bins in the histogram and the shape of the local minimum regarded as skin-mode bound. The dermoscopic images have been divided into two independent sets; training set and test set. The training set consists of 68 images, and the test set consists of 156 images. 80 of the images from the test set have been evaluated by expert dermatologists by visual inspection. URI: http://hdl.handle.net/10037/1707 File(s) in this item: 1
thesis.pdf (5.443Mb) -
Bongo, Lars Ailo; Anshus, Otto J.; Bjørndalen, John Markus (Research report; Forskningsrapport, 2003)[+][-]
Abstract: We have developed EventSpace, a configurable data collecting, management and observation system for monitoring low-level synchronization and communication events with the purpose of understanding the behavior of parallel applications on clusters and multi-clusters. Applications are instrumented by adding data collecting code in the form of event collectors to an applications communication paths. When triggered these create and store virtual events to a virtual event space. Based on the meta-data describing the communication paths, virtual events can be combined to provide different views of the applications communication behavior. We used the data collected by EventSpace to do a post-mortem analysis of a wind-tunnel application, a river simulator, global clock synchronization, and a hierarchical barrier benchmark. The views allowed us to detect anomalous communication behavior, detect load balance problems, analyze hierarchical barriers, synchronize the Pentium timestamp counters on the cluster nodes, and analyze the accuracy of the synchronization. URI: http://hdl.handle.net/10037/366 File(s) in this item: 1
report.pdf (286.6Kb) -
Fjeld, Frode V. (Research report; Forskningsrapport, 21-Nov-2003)[+][-]
Abstract: How to implement process synchronization in a general-purpose software library while incurring a minimum of policy decisions on the system as a whole? We propose that in dealing with the problem of mutual exclusion in concurrent systems, a separation of concerns between the mechanism of detecting contention and the policy decision of what to do when such contention is detected is appropriate. We show with code how a waiting protocol can guide and aid the design and implementation of both lower-level primitives and the higherlevel, policy-making parts of a system. We also show how the technique can be extended so as to help preventing some deadlock situations. URI: http://hdl.handle.net/10037/369 File(s) in this item: 1
report.pdf (197.8Kb) -
Nilsen, Bjørn-Hugo (Master thesis; Mastergradsoppgave, 01-Oct-2007)[+][-]
Abstract: Current GPUs have many times the memory bandwidth and computing power compared to CPUs. The difference in performance is getting bigger as the evolution speed of the GPUs is higher than of the CPUs. This make it interesting to use the GPU for general purpose computing (GPGPU). I begin by looking at the architecture of the GPU, and some different techniques for programming on a GPU, including some of the available high-level languages. I have implemented the Mandelbrot computation on a cluster of GPUs (the HPDC display wall), and compared it against two different CPU implementations on the cluster. I have also implemented the Mandelbrot computation in both Cg and Brook, and compared the performance of the two languages. My experimental study shows that the GPU implementation of the Mandelbrot application is up to twice as fast as the load-balanced CPU implementation on the cluster of 28 computers, and up to 6 times faster on one computer. URI: http://hdl.handle.net/10037/1565 File(s) in this item: 1
thesis.pdf (920.3Kb) -
Myhre, Per Inge (Doctoral thesis; Doktorgradsavhandling, 23-Sep-2011)[+][-]
Description: The papers of this thesis are not available in Munin:
1. Myhre, P.I., Corfu, F. & Andresen, A.: 'Caledonian anatexis of Grenvillian crust: a U/Pb study of Albert I Land, NW Svalbard', Norwegian Journal of Geology (2008) Vol. 89, pp. 173-191. Available at http://www.geologi.no/data/f/0/20/00/8_2401_0/NJG309_P._I._Myhre_et_al_screen.pdf
2. Per Inge Myhre, Fernando Corfu, Steffen Bergh: 'Palaeoproterozoic (2.0–1.95 Ga) pre-orogenic supracrustal sequences in the West Troms Basement Complex, North Norway', Precambrian Research (2011) vol. 186, pp.89–100. Available at http://dx.doi.org/10.1016/j.precamres.2011.01.003
3. Per Inge Myhre, Fernando Corfu and Steffen Bergh: 'U-Pb geochronology along a Neoarchaean geotransect in the West Troms Basement Complex, North Norway' (manuscript).
4. Bergh, S.G., Kullerud, K., Armitage, P.E.B., Zwaan, K.B., Corfu, F., Ravna, E.J.K. & Myhre, P.I.: 'Neoarchaean to Svecofennian tectono-magmatic evolution of the West Troms Basement Complex, North Norway', Norwegian Journal of Geology (2010) Vol. 90, pp 21-48. Available at http://www.geologi.no/data/f/0/20/23/8_2401_0/NJG_1_2010_Bergh_sc.pdfURI: http://hdl.handle.net/10037/3660 File(s) in this item: 1
thesis.pdf (7.570Mb) -
Kruglikov, Boris Serafimovich; Matveev, VS (Journal article; Tidsskriftartikkel; Peer reviewed, 2006)[+][-]
-
Grujic, Katarina; Hole, JP; Wilkinson, JS; Hellesø, Olav Gaute (Journal article; Tidsskriftartikkel; Peer reviewed, 2005)[+][-]
-
Hall, Chris; Xu, X; Manson, A.H.; Meek, Chris; Chshyolkova, Tatyana; Drummond, J. R.; Riggin, D.; Hibbins, RE (Journal article; Tidsskriftartikkel; Peer reviewed, 2009)[+][-]
Search Munin
Browse
-
All of Munin
-
This Community
Help
Munin is powered by DSpace 1.8.2
The University Library of Tromsø, N-9037 Tromsø
Tel: +47 77 64 40 00, E-mail: munin@ub.uit.no