English
norskStructure, function and inhibition of the serotonin transporter studied by molecular docking, -dynamics and virtual screening
Permanent link
https://hdl.handle.net/10037/6403
View/
Thesis introduction (PDF)
Mari Gabrielsen, Aina Westrheim Ravna, Kurt Kristiansen, Ingebrigt Sylte: 'Substrate binding and translocation of the serotonin transporter studied by docking and molecular dynamics simulations', Journal of Molecular Modeling (2012), vol. 18(3):1073-1085 (PDF)
Date
2011-09-16Type
Doctoral thesisDoktorgradsavhandling
Abstract
Den tre-dimensjonale (3D) strukturen til serotonin-transporteren er ukjent og arbeidet som beskrives i avhandlingen er basert på teoretiske 3D-modeller av transporteren. Modellene har blitt brukt til å simulere bevegelsene i transporterstrukturen som skjer når serotonin transporteres samt til å studere hvordan forbindelser som blokkerer transporten binder til transporteren. For å gjøre det sistnevnte ble en ny metode for bestemmelse av bindingen av forbindelser til transporteren utviklet. Metoden ble også bruk i et steg i det stort database-søket som ble utført for å finne nye forbindelser som kan blokkere transporten av serotonin. Forbindelsene som ble oppdaget gjennom databases-søket ble testet eksperimentelt av våre samarbeidspartnere i Polen. Testingen bekreftet at flere av forbindelsene som ble oppdaget gjennom database-søket også i virkeligheten bandt til transporteren.
Description
Papers 2, 3 and 4 of this thesis are not available in Munin:
2. Mari Gabrielsen, Rafał Kurczab, Aina W. Ravna, Irina Kufareva, Ruben Abagyan, Zdzisław Chilmonczyk, Andrzej J. Bojarski, Ingebrigt Sylte: 'Molecular mechanism of serotonin transporter inhibition elucidated by a new flexible docking protocol', European Journal of Medicinal Chemistry (2012), vol. 47:24–37. Available at http://dx.doi.org/10.1016/j.ejmech.2011.09.056
3. Mari Gabrielsen, Rafał Kurczab, Agata Siwek, Małgorzata Wolak, Aina W. Ravna, Kurt Kristiansen, Irina Kufareva, Ruben Abagyan, Gabriel Nowak, Zdzisław Chilmonczyk, Ingebrigt Sylte and Andrzej J. Bojarski: 'Identification of novel serotonin transporter compounds by virtual screening and experimental verification' Journal of Chemical Information and Modeling (2014), vol. 54(3):933–943. Available at http://dx.doi.org/10.1021/ci400742s
4. Gabrielsen, M., Wołosewicz, K., Zawadzka, A., Kossakowski, J., Nowak, G., Wolak, M., Stachowicz, K., Siwek, A., Ravna, A. W., Kufareva, I., Kozerski, L., Bednarek, E., Sitkowski, J., Bocian, W., Abagyan, R., Bojarski, A. J., Sylte, I. and Chilmonczyk, Z: 'Synthesis, Antidepressant Evaluation and Docking Studies of Long-Chain Alkylnitroquipazines as Serotonin Transporter Inhibitors', Chemical Biology & Drug Design (2013), vol 81(6):695–706. Available at http://dx.doi.org/10.1111/cbdd.12116
2. Mari Gabrielsen, Rafał Kurczab, Aina W. Ravna, Irina Kufareva, Ruben Abagyan, Zdzisław Chilmonczyk, Andrzej J. Bojarski, Ingebrigt Sylte: 'Molecular mechanism of serotonin transporter inhibition elucidated by a new flexible docking protocol', European Journal of Medicinal Chemistry (2012), vol. 47:24–37. Available at http://dx.doi.org/10.1016/j.ejmech.2011.09.056
3. Mari Gabrielsen, Rafał Kurczab, Agata Siwek, Małgorzata Wolak, Aina W. Ravna, Kurt Kristiansen, Irina Kufareva, Ruben Abagyan, Gabriel Nowak, Zdzisław Chilmonczyk, Ingebrigt Sylte and Andrzej J. Bojarski: 'Identification of novel serotonin transporter compounds by virtual screening and experimental verification' Journal of Chemical Information and Modeling (2014), vol. 54(3):933–943. Available at http://dx.doi.org/10.1021/ci400742s
4. Gabrielsen, M., Wołosewicz, K., Zawadzka, A., Kossakowski, J., Nowak, G., Wolak, M., Stachowicz, K., Siwek, A., Ravna, A. W., Kufareva, I., Kozerski, L., Bednarek, E., Sitkowski, J., Bocian, W., Abagyan, R., Bojarski, A. J., Sylte, I. and Chilmonczyk, Z: 'Synthesis, Antidepressant Evaluation and Docking Studies of Long-Chain Alkylnitroquipazines as Serotonin Transporter Inhibitors', Chemical Biology & Drug Design (2013), vol 81(6):695–706. Available at http://dx.doi.org/10.1111/cbdd.12116
Publisher
University of TromsøUniversitetet i Tromsø
Metadata
Show full item recordCollections
Copyright 2011 The Author(s)
The following license file are associated with this item: